В связи с реформированием системы здравоохранения Кыргызстана,  в 1994 году Иссык-Кульская область была выбрана как пилотный регион по внедрению семейной медицины. Обучение врачей ГСВ по семейной медицине стало одной из главных целей реформы здравоохранения.

В июне 1996 году с технической помощью программы ЗдравРеформ(USAID) был организован Учебно — Методический Центр Семейной Медицины в г. Каракол на базе областного ЦСМ.

В 1998 году 8 врачей  г. Каракол получили сертификат и стали первыми специалистами семейной медицины в Кыргызстане и начали обучать врачей ГСВ Иссык-Кульской области  по специальности «Семейный врач» и оказывали помощь в переходе  первичной медико-санитарной помощи к оказанию  медицинских услуг населению по принципу семейной практики.

С 2000 года учебный центр семейной медицины как Иссык-Кульский филиал ФСМ передан как структурное подразделение КГМИПиПК.

В 2017году ИКФ по приказу МЗ КР филиал переехал в бывшее здание хосписа 1897года постройки.

Капитального ремонта не было с 1960 года. Не смотря на это Иссык-Кульский филиал продолжал деятельность по обучению медработников Иссык-Кульской области.

В 2023 году благодаря инициативе ректора КГМИПиПК имени С.Б. Даниярова  Р.А. Курманова выделены финансовые средства на реконструкцию здания и в течение 8 месяцев проводились ремонтные работы. Первые шаги реконструкции начались 20 апреля и закончены 28 декабря 2023 года. Ректор КГМИПиПК им.С.Б. Даниярова  профессор Р.С. Курманов контролировал каждый этап работы.

После ремонта кабинеты светлые, теплые. Построено новое помещение для санузлов. Кабинеты оборудованы новой мебелью, оснащены интерактивной панелью, современной оргтехникой.

В настоящее время В Иссык-Кульском филиале имеется 2 кафедры факультета семейной медицины: кафедра семейной медицины и кафедра сестринского дела в семейной медицине. Трудятся 7 преподавателей, 3 лаборанта и 3 хозработников.

С началом весны занимались благоустройством  и озеленением территории филиала, посажены тянь-шаньские ели, голубые ели, можжевельники, кустарники-цветущие, яблони, многолетние бордюрные цветы.

Созданы все условия для обучения, поэтому кроме семейных врачей и семейных медсестер у нас могут повышать свою квалификацию и другие врачи специалисты, медработники.

Сотрудники стараются работать качественно, делают все усилия для улучшения методов и условий для обучения .