В КГМИПиПК осуществляется последипломная подготовка в программах двухгодичной ординатуры и одногодичной интернатуры по различным медицинским специальностям. Подготовка проводится на бюджетной и контрактной основе согласно плана набора, утвержденного Министерством здравоохранения КР на текущий год. Прием числа ординаторов ограничен с тем, чтобы обеспечить качество подготовки и широкий доступ ординаторов к пациентам и клинической практике. Клиническая подготовка осуществляется на базе ведущих центральных учреждений здравоохранения, а также на базе организаций здравоохранения в Бишкеке и регионах, аккредитованных Министерством здравоохранения в качестве клинических баз для последипломной подготовки и непрерывного образования работников здравоохранения.
Продолжительность обучения в клинической ординатуре 2 — 4 года в зависимости от профиля медицинской специальности.
В институте осуществляется подготовка клинических ординаторов по следующим специальностям:
- Акушерство и гинекология
- Ангиохирургия
- Анестезиология и реаниматология
- Гастроэнтерология
- Дерматовенерология
- Дерматокосметология
- Детская хирургия
- Инфекционные болезни
- Лучевая терапия (рентгендиагностика)
- Наркология
- Неврология
- Нейрохирургия
- Онкология
- Оториноларингология
- Офтальмология
- Педиатрия
- Психиатрия
- Пульмонология
- Рефлексотерапия
- Семейная медицина (общеврачебная практика)
- Судебно-медицинская экспертиза
- Стоматология общей практики
- Терапия
- Травматология и ортопедия
- Урология
- Физиотерапия
- Фтизиопульмонология
- Хирургия
- Челюстно-лицевая хирургия
- Эндокринология
